在《使命召唤13》中,存在四大派系,分别是:
Solar Associated Treaty Organization (SATO, 太阳系联合条约)
Space Combat Air Recon (SCAR, 空间站军直侦查连)
United Nations Space Alliance (UNSA, 联合国太空联盟)
Settlement Defense Front (SDF, 殖民地防卫前线)
其中,玩家可以操作的只有SATO和SCAR两个阵营。
反派阵营是 SDF,即 殖民地防卫前线。SDF是游戏中的大反派,由一群在战争期间反对UNSA的人组成,他们与SATO势不两立,并且其成员被描述为反动分子,暴力且好战。游戏的目标是消灭SDF,保卫地球的和平。